宇田川在与一护等人战斗时，把目标瞄准了失去力量的石田，并且对灭却师的灵魂也很感兴趣。为了让无辜的人免受伤害，自愿与人质交换的石田受到了宇田川的蹂躏，在众人进退两难时芳野出现抢走了石田。另一方面，尸魂界所有关于灵魂狩猎者的资料全部消失，到底背后隐藏着什么阴谋？而被抢走的石田对灵魂狩猎者又有什么特殊的意义？
得知灵魂狩猎者的目标是灭却师之后，一护等人决定陪护在受伤的石田身边，深夜石田病房的水管突然涌出大量的水，本以为是设施问题，但莉铃他们感到了灵魂狩猎者的气息。操纵娃娃用水攻击的双胞胎出现了，一护等人背起石田一边躲避有水的地方一边向外跑去，费劲周折才逃出了这个封闭的医院，外面却下起了雨。
雨天里灵魂狩猎者双胞胎磐和鹏的娃娃力量更加强大，一护等人的攻击对由水组成的娃娃来说完全无效。在众人陷入危机时，之芭用力量把磐和鹏分开，并成功使磐晕倒，果真与大家所想的一样，两人不在一起就无法发挥出娃娃的实力，但鹏一个人的攻击也很难对付，这时岩鹫赶了过来，再绚烂的烟火过后，磐和鹏化为灰烬。
一护等人四处寻找石田，为了不使自己的同伴受到伤害，石田选择独自离开。倒在路边的石田被芳野救回，在交谈中石田得知了芳野身为灵魂狩猎者的过去，与想要阻止狩矢神的决心。于此同时，狩矢神为了抓住灭却师获得更强大的力量召集了很多同伴，而尸魂界里，十一番队离队的一之濑与灵魂狩猎者们也有着千丝万缕的关系。
古贺操控着铁的娃娃达鲁库击败了芳野，并抓走了她和石田。尸魂界内，涅茧利为灵魂狩猎者资料被入侵并设下机关一事对队长们大发雷霆，更木剑八隐隐的觉得涅茧利所说的事情与前段时间探测到灵压的一之濑有这关系。于此同时，狩矢神与石田谈话，说可以帮助他取回灭却师的力量，一护等人也终于找到了灵魂狩猎者所在的房子。
狩矢神没有半点想还回石田的意思，一护便拖住灵魂狩猎者众人，而露琪亚带着莉铃、之芭和藏人去寻找石田。灵魂狩猎者们没有想要围攻一护的意思，与一护对战的只有宇田川，当月牙天冲击破宇田川的绝对结界时，挡住露琪亚去路的原十一番队死神一之濑立刻赶回狩矢神身边，而宇田川却心生反意趁着混乱瞄准了狩矢神的纹章。
一之濑与一护战斗时，在旁观战的狩矢神对一护的魂魄有了兴趣，便与一之濑交换与一护战斗。望着狩矢神的背影，一之濑想起了自己与狩矢神在现世的邂逅。但是一护好像并没有狩矢神想的那么强，就在一之濑起杀心的时候，浦原商店的众人和夜一赶到，救出了一护、石田还有芳野。
尸魂界内，涅茧利终于恢复了灵魂狩猎者的历史资料，看过这些资料的队长们一片惊愕。夜一也把信息带给了一护他们，大家了解到灵魂狩猎者想利用身为灭却师的石田打开异世界的门，为了这一目的他们会开始袭击人类，吸取活人的魂魄用来积蓄力量。情况不容乐观，但是经过与狩矢神一战的一护却显得很消沉，完全没有了往日的自信。
芳野独自向狩矢神的住处走去，抱着必死的决心也要阻止狩矢神的野心，石田带着莉铃赶到时，芳野已经与狩矢神开始了战斗，而后来赶到的一护等人遇到了古贺和一之濑的堵截。狩矢神从一开始便想利用芳野的母性力量为新的娃娃注入灵魂，与娃娃融合后的芳野虽然力量大增，但还是敌不过狩矢。在石田悲痛中芳野死去，这时新的娃娃大量的诞生了。
为了协助一护，莉铃、藏人和之芭也住进一护家里密切关注灵魂狩猎者的行动，但是三人和魂一见面便开始吵闹，不胜其烦的一护前去阻止，竟被妹妹误会是在和布娃娃说话。四人在一护和露琪亚出去消灭虚的时候，在家中设置了很多防范灵魂狩猎者的陷阱，但并没有被认同。为了得到一护他们的重视，莉铃、藏人和之芭开始了行动。
狩矢用芳野灵魂制造的大量娃娃比特，到处袭击人类夺取魂魄，尸魂界派出隐秘机动展开调查，非但没有收集到情报还有人被伤。灵魂狩猎者藏身于有特殊矿石的山洞中，通过比特收集并压缩的高纯度魂魄正在积蓄非常强大的力量。为了消灭灵魂狩猎者，通过队长会议，日番谷命令乱菊、吉良、桧佐木和弓亲四人前往现世。而一护等人，在浦原制造出探测仪之前只能漫无目的寻找。
为了测试自己的力量，灵魂狩猎者们倾巢而出。一护戴上甚太和小雨送来的新型探测仪去寻找灵魂狩猎者，而露琪亚则去找灵力突然下降的恋次。在一护寻找灵魂狩猎者时看到了被比特袭击的启吾，为了救出重伤的启吾一护必须打倒挡住去路的古贺。于此同时，相遇的露琪亚和织姬，赶去与一护汇合的茶渡，都各自遇到了灵魂狩猎者的袭击，大家都陷入了危机。
一护在与古贺的战斗中受到重创，看着倒在地上的一护，想到又一个年轻的生命即将逝去，古贺不由得想起了灰色的过去。在狩矢找上古贺之前他一直过着孤独的隐居生活，直到狩矢把一个灵魂狩猎者青年托付给他，在古贺的锻炼下青年慢慢的成长，但是在召唤娃娃的过程中，发生了古贺最不愿提及的回忆。
吉良的及时出现缓解了一护的危机。露琪亚、织姬与灵魂狩猎者的战斗还在继续，而这时马桥突然闯入，第一次吸收活人魂魄的马修神志不清竟然攻击自己的同伴，对方受不了马桥的痴狂自动退出了战斗。马桥的娃娃利兹非常的棘手，使露琪亚与织姬难以招架，就在这时利兹钻入了露琪亚的体内，醒来的露琪亚神情变得很不正常。
被马桥用娃娃控制的露琪亚向自己同伴开始攻击，织姬用盾舜六花艰难的进行这防御，而被利兹强行引出力量的露琪亚脱离义骸后使出了更强力的攻击。面对被控制的露琪亚，连及时赶到的桧佐木也束手无策，这时恢复了些许意识的露琪亚请求织姬攻击自己，看到这些的织姬擦干了眼泪拿出决心，把自己的信念化作盾舜六花的力量向露琪亚走去。
茶渡、之芭和小雨三人与突然出现的灵魂狩猎者泽渡对峙，乱菊的出现完全打破了这种紧张气氛，竟然忽视灵魂狩猎者与茶渡他们友好的问候，经过之芭的提醒才知道眼前这个老头就是敌人。与他们对峙的泽渡操纵着名为保拉的娃娃，保拉拥有和之芭一样操纵空间的力量，可以产生特殊异空间在里面游走，面对这个麻烦敌人，乱菊等人该如何应对？
保拉从之芭的异空间内挣脱，使之芭受到严重的伤害，就在三人遇到危险时，之芭又一次把大家转移至安全的地点。在众人的商讨下有了应对的办法，结合乱菊的鬼道和之芭的探测能力，预测到了保拉出现的位置，而茶渡趁机攻击它脆弱的腹部，用这个方法他们成功救出了小雨。与此同时，瀞灵廷内也不太平，巡视的一角遇到了隐藏气息的入侵者。
一护一行人拖着疲惫和伤痛聚集在浦原商店，大家分别接受治疗和休息，尸魂界内白哉接到通知也展开了对叛离死神协助灵魂狩猎者一事的调查。与此同时，找到了灵魂狩猎者藏身山洞的弓亲，与乱菊、吉良、桧佐木四人一起想要亲手做个了解，但在山洞内等着他们的是宇柿利用人偶凯瑟鲁设置的陷阱，在危险的陷阱内四人可以全身而退吗？
继乱菊四人之后，一护等人也来到了灵魂狩猎者藏身的山洞，但是他们也同样对宇柿的娃娃凯瑟鲁的能力束手无策，从乱菊口中知道了凯瑟鲁的攻击是从发光的眼睛制造出的阴影里出来的，茶渡留下照顾受伤的众人，一护和恋次向山洞深处突破。石田为了恢复灭却师的能力独自在深山修炼，这时十二番队副队长涅音梦出现，不由分说便攻了上来。
四面聚集的光线在地上投射出巨大的阴影，挡住他们去路的是凯瑟鲁的本体，想要独自战斗的恋次站在了一护面前，恋次一直悔恨因为自己的疏忽连一个人类的小孩也没能保护好，决定重新振作起来的恋次使出了卍解，在狒狒王蛇尾丸的攻击下，宇柿被自己暴走的娃娃杀死。战斗结束后，一护先行找到狩矢他们的据点，而这时通往异界的门已经打开。