冷血的鲨鱼怪在民航机上，把年老的乘客们一矢贯穿杀害，空我战斗时被它鱼枪状武器刺伤，两小时内不能变身，其后鲨鱼怪竟高调地在互联网上发出杀人预告…那边厢奈奈在试镜中途，突然跑回咖啡店，并询问老板有否想过要杀人！
未确认生命体45号水牛怪，开始其杀戮游戏，它堵塞池袋火车站地下街的所有出入口，再慢慢宰杀被困的市民。雄介到场变身，空我跟其搏斗，但水牛怪的战力实在太强横，幸空我遇强愈强，他的坐骑亦发辉金色力量杀敌！
夏目实加从长野来到东京，参加横笛吹奏比赛，一条到会场替她打气。可是，会场内另有一名男子鬼鬼祟祟，似正要图谋不轨……雄介再次感到「0号」的气息，变身绿色空我搜索它，「0号」的杀气之强竟隔空令空我颓然倒下！
为了找出0号的所在，科警研的榎田发明了一种追踪弹，击中怪人便可追踪到它们的巢穴。而雄介亦继续努力，寻找令自己变得更强的方法……46号袭击多摩市的西多摩警署，它的目标是男性警员，面对它的压倒性力量，一众警员纷纷遇害……终于，空我赶来，并对着46号发出了攻击……
雄介变身空我迎战46号，可是连所向披靡的空我金色力量，也不能伤它分毫，而更惊人的是兜虫怪，竟也可用金色力量加强实力，兜虫怪本已强劲，在强化后的它更非空我所能匹敌，随意一击便令空我重伤倒下……而在一条的攻击下丧失了尸数盘的47号，与46号开始交战……
47号与46号展开战斗，最终逃离，却被警察追上，警察向47号发射了神经断裂弹……重伤的雄介在关东医大病院接受治疗，椿替他再次进行电震疗法。雄介醒来后觉得全身充满力量，于是，马上赶去世田谷区的中央运动场，在这里一条正以神经断裂弹跟兜虫怪战斗，全黑的金色力量空我昂然出战，空我的杀敌战力再越巅峰！而光的儿子也在jean及jean的劝导下，重新接受了妈妈。
0号开始进行大屠杀，在短暂的时间内已有超过三万人遇害，纵使空我出手阻止，在绝无还手之力下，被0号一击打至腰带破裂，在极重创伤下昏迷。若0号尚存，人们又怎能再有笑容，雄介要成为可怕的黑色终极战士！下定了决心的他，向自己认识的人一个一个地告别。而一条也发现了b1号的踪迹，结果到底会怎样？
神崎老师、榎田小姐、桩先生、奈奈、老板、稔、托儿所的小朋友，为了向大家道别，雄介走遍各处地方，最后他到城南大学与樱子说再见，许下承诺后，雄介心如止水的踏上与0号终极决战之路……另一方面，一条也即将面临与b1号的了断。
最终的0号也被五代所消灭，人们再次面带笑容的生活，认识五代的人也因五代而改变，原本气氛紧张的警视厅在开会上也会开玩笑，他们的生活也因五代渐渐改变了，大家一起望上天空。在同一个天空下，一个男人在外地的沙滩边漫步，那男人看见一班的小孩沉闷的坐著，便拿起背包走向哪班小孩，忽然有一个球被投上天上，原来是那男子表演抛球杂技，再看清楚…原来是五代雄介。他把球送给那班小孩，小孩们再次面带笑容，五代跟小孩道别后再次踏上他的冒险旅途……
白洛辰直接对着飞飞说道：“回归！”
“叮！好的！主人！”
随后便回到了《斗破苍穹》的世界！
“叮！恭喜主人完成路过任务：请主人路过《假面骑士空我》世界，奖励：假面骑士空我所有形态表盘、亚古鲁、升华亚古鲁、究极亚古鲁、青龙棍、天马弩、泰坦剑、升华泰坦剑、升华天马弩、升华青龙棍、无人西瓜铠甲、试验追迹者2000、试验追迹者2000a、跃动追迹者2000、跃动追迹者3000、装甲机哥莱姆、试验哥莱姆、跃动哥莱姆、升华跃动哥莱姆、哥莱姆〈铁骑〉、新跃动哥莱姆和女仆泽渡樱子、五代稔、朝比奈奈奈、夏目实加、笹山望见、元城恵子、须山可奈子、拉·芭璐芭·蝶！”
“叮！奖励已发放！”
“叮！恭喜主人假面骑士万古逢魔时王的力量再次得到加强！”
“叮！恭喜主人获得特殊奖励：系统版一阶时空驱动器！”
随后白洛辰看了看介绍
一阶时空驱动器（系统版）：使用假面骑士力量或铠甲勇士力量的表盘可变身成为相对应的假面骑士或铠甲勇士！【注：可升级！】
白洛辰拿出来看了看，收了起来
“叮！路过任务：请主人路过《假面骑士agitΩ》世界，奖励：假面骑士agitΩ所有形态表盘、变化圆环、暴风战戟、火焰军刀、闪耀王剑、机械龙卷者、《假面骑士agitΩ》中所有骑士表盘和女仆风谷真鱼、小泽澄子、津上雪菜！”
在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。
世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌力量的神秘种族。
警方称之为——未知生命体（unknown）。
与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，未知生命体都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。
津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。
但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——假面骑士agitΩ。每当未知生命体现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。
随着暗之力的复活，未知生命体杀人的频率越来越密集，agitΩ在不停的战斗中感应到自己的一步步进化。
就像播下的种子般，总有一天会发芽。
由人类所化身成的agitΩ们如雨后春笋般出现了。
心急于抹杀这些agitΩ的暗之力一面为伤害自己的孩子而痛苦着，一面更积极地命令未知生命体杀害特定的人类。
不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身为更强悍的形态。
但是遭到agitΩ与人类们抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再听从他的孩子——人类，要将世界重造。
要相信人类到什么程度呢？
人类，到底有多少可能性呢？