面对沙俄军队的不断挑衅，清政府严令东三省边防驻军不得跟俄军相冲突，步步忍让。而俄军却是有目的的不断制造摩擦和事端，并且得寸进尺。
位于精奇里江口、黑龙江左沿岸地带的江东六十四屯，是由清政府在两次雅克萨之战时设立的军屯点发展起来的，通称江左旗屯。人们又习惯于以屯数命名，因此称六十四屯，又地处瑷珲江东，故称瑷珲江东六十四屯。
江东六十四屯的居民由汉族、满族、达斡尔族组成，有一万四千人余人，其中汉人八千六百人，旗人四千五百人和达斡尔族九百人，共一千二百六十六户。1858年，清朝黑龙江将军奕山与沙俄东西伯利亚总督尼古拉·尼古拉耶维奇－穆拉维约夫签订了不平等的《瑷珲条约》，其中规定：中俄由额尔古纳河沿黑龙江至海口划界，右岸属中国，左岸属俄国、“黑龙左岸由精奇里河以南至豁尔莫勒津屯，原住之满洲人等，照旧准其各在所住屯中永远居住，仍著满洲国大臣官员管理，俄罗斯人等和好，不得侵犯”。据此，黑龙江以北60万平方公里领土划归了沙俄，只保留了江东六十四屯中国居民的永久居留权和清政府对这些居民的永久管辖权。
瑷珲条约》签订后，沙俄加紧向黑龙江左岸移民。十九世纪八十年代起，沙俄在远东地区推行“黄俄罗斯化”政策，在大批移入俄罗斯人的同时，残酷地灭绝当地原住民族。随着移民的增加，对耕地的需求量变大，但阿穆尔省虽地域广大，却大都是森林、莽野和沼泽地，只有黑龙江上游和中游沿岸地带适于耕种，于是江东六十四屯这片适宜耕种的肥田沃土就成为沙俄侵夺蚕食的对象。1
1879年，沙俄占去段山屯草甸、牧场。1883年，占去垦地二百四十余垧、荒地四十余里。在沙俄的蚕食下，江东六十四屯的面积缩小为长约一百四十华里，宽约四十二华里，约一千六百平方公里。
1894年，沙俄官员马丘宁根据1860年《中俄北京条约》，提出彻底解决“结雅河畔（即江东六十四屯）满洲人”问题的报告，决定取消清政府对江东六十四屯居民的管辖权和境内中国居民的居留权。马丘宁报告出台前后，沙俄阿穆尔省当局加紧了侵吞江东六十四屯的步伐。1894年，沙俄官兵趁着甲午战争之际直捣补丁屯，毁酒铺三十余家，屯中聚酒成渠，造成损失三百余万之多。
随着沙俄远东军区下达了故意制造摩擦的命令，俄军更加明目张胆的制造事端，偏偏清政府严厉一忍再忍，沙俄找不到发动局部战争的借口，于是加大了摩擦力度。
1896年4月15日，沙俄官兵不再只骚扰汉人屯，而是开始对各旗人屯动作。他们以调查居民户口、房屋产业、六畜数目为由，企图强行征税。清政府黑龙江将军恩泽拨派官兵一哨，过江保护旗屯，结果被俄军强行缴械，几乎演变成武装冲突。随后恩泽过江交涉，结果被俄军无理扣押。
瑷珲都统寿山得知恩泽被扣押顿时大怒，前段时间俄军袭扰旗人屯已经令他不满了，如今俄军公然缴了清军的械，更是扣押了黑龙江将军恩泽，寿山一怒之下调集他手下的三营马步军过江，准备强行要人。
寿山的行动正中俄国人的下怀，库罗伯特金接到消息后立即着手准备，当寿山率清军过江时，十几艘俄国炮舰和鱼雷艇封锁了江面不准他们过去，并要求解除他们的武装。寿山一听当场就激了，拒绝缴械。双方剑拔弩张的对峙起来，越吵越凶很快冲突便不可避免的爆发了。
一艘俄舰在未示警的情况下突然开火，造成寿山部士兵重大伤亡。寿山当即撤回岸边，并下令岸防火炮攻击江面上的俄舰，双方顿时爆发激战。
由于恩泽被扣，寿山便是最高指挥官，他一怒之下几乎把全部家当都拿出来跟俄舰对着干，一时间江面江岸炮声轰鸣硝烟弥漫，双方越打越猛，很快便杀红了眼，武装冲突不断升级。双方激战至深夜方才罢兵，清军死伤三百多人，不过却击沉俄舰一艘，重创两艘。
也正因为恩泽被扣，没人可以阻止寿山，这也是俄国人精心设计的局，为的就是把武装冲突变成局部战争，进而先试探一下清帝国的反应，再做下一步打算。
江东事件发生后，清廷中央震惊无比，同时也害怕不已。总理衙门急忙照会俄国驻华公使库曼，要求俄方保持克制，清廷方面将会立即着手调查。明明是俄国人故意挑事，但清廷过于软弱，不敢责怪俄国人，反而降罪寿山以安抚俄国人。
库曼见清廷软弱，于是态度十分嚣张，叫嚣着如果不妥善解决将引发两国交战。当然，库曼也是在进一步试探清政府的态度。
库尔伯特金得到库曼的报告后，认为清帝国软弱可欺，如果趁机出兵造成吞并清帝国领土的既成事实，那么对于俄国的扩张将极为有利。为此，库尔伯特金下令阿穆尔军区出动一个沙俄步兵师，分成两路进攻黑龙江，武装冲突升级为局部战争。
沙俄不宣而战，但规模不大，一切都在可控制范围内。
冲突爆发后，清廷对东北三省多次电谕：“三省相依为命，当此时艰危，自应联络一气，彼此徇谋，和衷共济；不可各存意见，致误大局。”
清廷调瑷珲副都统凤翔、呼伦贝尔副都统依兴阿、通肯副都统庆琪委三路翼长，节制军务。安徽候补知县程德全委为行营营务处总理。以北路战守交凤翔主持，西路战守交依兴阿主持，东路战守交庆琪主持，程德全往来联络。
寿山虽然被降罪在身，但黑龙江将军被扣，整个黑龙江地区除了寿山无人能够胜任，因此清廷命他居中调度，如某一方面吃紧，他再亲自前去策应。寿山通令各营，补足十成兵额，并要求奉、吉两省匀拨枪械子药诸物。他排练制兵，并调内地防营兵，以缓济急。面对强敌，寿山将军没有丝毫的怯懦，而是怀着必胜信心准备迎战。
4月18日，俄军一万余人在俄舰的掩护下过江，就双方实力对比，清军处于绝对劣势。战斗一开始，瑷珲、大黑河便相继失守，凤翔退守北岭后英勇战死。寿山闻讯失声痛哭，亲赴北关为其设位而哭。他把将军印信交萨保代理，欲亲赴前敌督战。萨保力劝，遂派程德全赴北大岭迎敌。
这时，朝廷派奕、李鸿章与沙俄公使库曼谈判，电令停战。而程德全到北大岭按朝廷旨意与俄军商议停战事宜，俄军则提出要到卜奎城（齐齐哈尔）见寿山。面对俄军明显的借道荆州的阴谋，程德全不但不敢说什么，而且公然下令前线将领不抵抗让出通道，致使沙俄侵略军直逼卜奎城下。
寿山知战祸将至，为防民众罹难，先二日开城放商民出外避难。5月4日，程德全入城见寿山，面陈与俄军议和事宜。这时，城中已没有守军，只有百多名民团。在此大敌当前，战局处于“言战难”、“言守难”、“言退难”的时刻，又接到俄军的通牒和朝廷停战电文，寿山将军自度“终不能亲见俄军与之议和，又不欲使城中居民无端罹祸，又自念世受国恩，宜阖门殉节。”遂决意以殉国之举，表示对俄军与投降派的蔑视和反抗，实现其尽忠于国家和民族之志。
5月8日，俄军陆续抵达城下，程德全出城照应。9日早晨，俄军坚持要见寿山。寿山将军闻讯作遗书致俄将，要求其勿杀居民。写完，寿山自裁。
5月10日，俄军占领卜奎城，黑龙江沦陷。
不过，俄军远东兵力有限，库尔伯特金不敢拉长线作战，因此占领黑龙江后便下令停止进军。