高尔察克主力的结局非常不妙，唯一值得庆幸的是，由于中国国防军占领了西伯利亚铁路，历史上原本试图东运的捷克军团无法顺利撤退。在交涉中，陆征祥不止一次地强调，任何军队，如果要经过伊尔库茨克以东，都必须解除武装，在中国军队的押送下离境——否则，便视为对中国国土的侵犯，将坚决予以还击。
这个表态，自然是针对捷克军团和日本干涉军所言的，当然，远东领土如此广大，国防军不可能处处布防，偶尔穿越新国境也是在所难免。但捷克军团这么大批量的人员调度，非得依靠铁路不成，而捷克军团又不能接受解除武装的要求，所以只能在高尔察克政权中滞留下来。
这次布尔什维克对东线的攻击，直接将捷克军团击溃，很多人战死，被俘虏的一部分被布尔什维克就地处决，另一部分则在国际共产主义的“感召”下就地加入布尔什维克。由于捷克军团的滞留效应，高尔察克军队的主力获得了喘息之机，而且，正在这个当口，从中国而来的第二批军火物资抵达鄂木斯克。高尔察克政权捞到了救命稻草，从最初的慌乱中镇静下来。
现在，高尔察克可以腾出手来整顿他的军队，原来成分复杂、各怀心思的军队现在必须接受鄂木斯克的统一调配，否则，高尔察克就不发给补给物资。谢苗诺夫的哥萨克自恃有日本撑腰，依然目无鄂木斯克政权，不仅屡次闹事，而且还依靠自己相对较强的实力抢夺其他部队的物资。这样不听号令的军队是高尔察克难以容忍的，只是，碍于背后的日本人，高尔察克只能选择容忍。
不过，高尔察克的好运气来了。中路集团军司令蔡锷接到秦时竹的明确命令，让他利用有利的时机，打掉谢苗诺夫哥萨克势力。理由自然不是为了高尔察克先生两肋插刀，而是日本利用哥萨克势力，对国防军远东势力圈构成了极大的威胁。由于西伯利亚铁路掌握在中国手中，日军的物资补给也是相当困难的，出于可以理解的原因，国防军并不欢迎日军进驻，更不要说利用西伯利亚铁路输送物资。这就使得日本一方面试图对海参崴开始的中国守军进行打击，另一方面则利用俄国内部势力进行捣乱。第一条办法是彻底和中国开战，在辽东战事后有所恢复的日本陆军虽然依旧狂妄，但还没有对华必胜的把握，而第二条则要稳妥的多。
秦时竹的这道命令，契合高尔察克的心思，虽然他并不愿意中国方面介入俄国内部事务，但哥萨克的事端实在太多，他不能熟视无睹。更何况，他讨厌日本更甚于讨厌中国，两害相较取其轻，默许了国防军对哥萨克的行动。
东线布尔什维克停止进攻绝不是为了怜悯高尔察克，而是因为在西线和南线遇到了麻烦。
在西线，波罗的海沿岸的尤登尼奇军队于7月中旬突破红军防线，扑向彼得格勒。8月初，红山、灰马、奥布鲁切夫三个炮台发生叛乱，直接威胁彼得格勒的防御。红军费了不少力气加强彼得格勒的防御，在里应外合的努力下，于中旬平息炮台的叛乱，下旬发动反攻，将尤登尼奇军队击退，但损失不小。在南线,邓尼金军队于7月间占领顿巴斯、顿河州和乌克兰部分地区，次月又占领察里津(今伏尔加格勒)。由于当时高尔察克已败退乌拉尔，因此邓尼金未能实现与其会师的企图。
但这已经是白军进攻的顶点，缓过气来的布尔什维克在东线胜利后，利用已经加强了的东方面军(辖5个集团军和伏尔加河区舰队)在伏尔加河中游地区对白军转入进攻，9月10日攻克喀山，12日攻占辛比尔斯克，10月上旬占领塞兹兰和萨马拉。随后，红军在察里津保卫战中连续两次击退克拉斯诺夫哥萨克白军的进攻；北高加索的两个集团军在与主力隔绝情况下坚持作战,牵制邓尼金‘志愿军‘北进。
当1918年的冬天来临之际，在东线、西线和南线各个战场，红军都取得了胜利，布尔什维克手中掌握的兵力第一次超过了白军的总数，而且兵员质量有很大程度地提高，更要紧地是，虽然红军看上去还是四面被围困，但统治区域连成了一片，如果集中兵力发动进攻，可以占据明显的优势。放在布尔什维克面前的，只有一个问题，那就是如何合理安排优先解决的秩序。
冬天到来之后，乌拉尔暂时成为布尔什维克和高尔察克政权的分界线，各处的白军都在舔舐伤口，鄂木斯克的情况最好，因为有中国方面源源不断运来的物资，不但得以重整兵力，而且还进行了统一指挥。由于高尔察克政权能够相对较为容易地获取物资，也放弃对辖区内民众的压榨，苦于布尔什维克余粮征集制的富农大批从布尔什维克的控制区内逃亡，在这个群体当中，涌现了很多坚定反布尔什维克的军官，成为高尔察克政权的中坚。
当然，这中间一个插曲便是，谢苗诺夫哥萨克被国防军击溃，其部作为一个完整编制已经不复存在。在高尔察克整顿过程中，谢苗诺夫不甘于居于其下，有争权夺利的野心，高尔察克便扣住补给品不发，任其自生自灭，哥萨克本来就是只比匪徒好一点点，谢苗诺夫在日本的怂恿之下便把主意打到了中国身上，希望打通与日本的直接铁路联系。
虽然哥萨克人数只有万余，但他自恃冬季作战，哥萨克又熟悉地形，认为可以轻松拿下，故而不加整顿便发动了对国防军的进攻。一开始似乎印证了这种情况，除了伊尔库茨克和赤塔两座大城市因为防御坚固无法拿下之外，中间的大片土地为哥萨克所控制。但是，谢苗诺夫忽视了与之交手的蔡锷是何等人物，轻轻松松便利用一个诱敌深入的计策将哥萨克逼到了事先准备好的包围圈中，激战之后，除了谢苗诺夫本人侥幸逃脱之外，大部分非死即伤，而举手投降的也在国防军随后的战场处理中沦为牺牲品。
国防军割掉了一个毒瘤，高尔察克少了一个麻烦，彼此都很满意，唯一不爽的只有日本人。可习惯了海洋性温湿天气的日本军对于西伯利亚的寒冬根本不能适应，再加上又没有中国人所拥有的交通便利，只能眼睁睁看着谢苗诺夫溃灭而无法作为。
在西伯利亚的冬季，暴露在野外对有坚固防御体系的阵地发起进攻完全是自杀的行为，日本人不敢造成，只能龟缩。国防军继续以整肃行动肃清辖区内的不安定因素。
高尔察克军队被击溃后，由于邓尼金的军队保持了相对完整的建制，在加上西伯利亚铁路为中国控制，协约国直接插手不便，英法便把战争重心转移到俄国南方，决定以邓尼金军队为主力发动第二次进攻。在接受补给之后，1919年俄历新年之后，邓尼金便下令攻占莫斯科,从顿河西岸到伏尔加河分兵三路北犯。在主突方向库尔斯克、奥廖尔、图拉一线作战的是邓尼金的精锐部队“志愿军”。
在白军内部整顿的同时，红军也在进行整合调整，对队伍中的投机分子进行清理，同时，由于余粮征集制引起的普遍不满，军队还额外充当救火兵和镇压队的作用。高尔基虽然同情布尔什维克，但不止一次地抨击这种做法。托洛茨基和斯大林都无法容忍，但列宁却大度地接受了批评，检讨说这是权宜之计。
面对来势凶猛的邓尼金，4月9日，俄共(布)中央和列宁发出‘大家都去同邓尼金作斗争‘的号召。5月，红军南方面军按照总部的命令发起反攻，从侧后袭击邓尼金的库班大本营，未果。5月12日，邓尼金军队再次在库尔斯克-奥廖尔方向发起进攻，至6月中旬先后占领库尔斯克、沃罗涅日和奥廖尔，直接威胁图拉和首都莫斯科。尤登尼奇军队在西线也再次突破红军防线，于6月中旬进抵彼得格勒郊区。为适应新的作战形势，红军统帅部于9月下旬将南方面军分编为南方面军和东南方面军。6月，俄共(布)中央政治局决定坚守图拉和莫斯科，在南线集中基本兵力，东南方面军则暂时转入防御。6月11～12日，南方面军在司令a.i.叶戈罗夫和军事委员j.v.斯大林率领下，在奥廖尔─克罗梅地域和沃罗涅日地域发起反攻，至7月中旬先后收复奥廖尔、沃罗涅日和库尔斯克。
以邓尼金为主力的第二次进攻，又遭到了近乎全面颓败的风险，而此时的欧洲战场，形势已经发展到了最为关键的当口。