商辂被贬出朝廷后，一直到了成化三年二月，才被召至京城，朱见深命他以原来的官职进入内阁。
商辂上奏推辞，朱见深说：“先帝已知你是冤枉的，就不要推辞了。”
商辂，终于迎来了他的治国。
他首先陈述勤奋学习、采纳谏议、储备将领、防守边疆、减省多余官员、设置义仓、尊崇先圣名号、广泛制定士法，共八件事。
朱见深赞许并采纳了。他所说的采纳谏议，是请求召回复用元年以后因进言而被贬斥的人，于是罗伦、孔公恂等全部回复了官职。
成化四年，彗星出现，给事中董旻、御史胡深等人弹劾不称职的大臣，都涉及商辂。
御史林诚攻击商辂曾经参与更换太子，不适宜任用，朱见深不听，商辂因此请求辞职。
朱见深愤怒，命令在朝廷查问那些进言的人，想给以严厉谴责。
商辂说：“臣曾经请求优待宽容进言的人，现在议论到臣反而责备他们，对公众舆论又怎么解释呢。”
朱见深非常高兴，董旻等各赐予手杖恢复官职。
不久，商辂进升为兵部尚书。
之后，发生了仁寿太后的田户与百姓争夺田地的事件。
朱见深想把百姓迁徙到塞外。
商辂说：“天子以天下为家，哪里用得着庄园。”
这件争田事件，才得以平息。
乾清宫大门发生火灾，工部请求到四川、湖广采集木材。
商辂进言说应该稍微延缓一下，以保持警戒畏惧，朱见深听从了他的话。
如果朱见深一直这样任用商辂这些正直为国的大臣，那么，大明的盛世，将继续延续，可惜的是，商辂终究还是不被重用。
商辂得罪了俩个不能得罪的人，一个是万贵妃，一个是西厂的汪直。
万贵妃见皇帝那么重用商辂，自然也非常看重商辂了。
她拿出父亲的画像，嘱托商辂写赞语，并赠送金钱礼物，非常丰厚。
商辂竭力推辞，使者告诉他是万贵妃的意图。
商辂说：“不是皇帝的命令，不敢接受。”
万贵妃听了，非常不高兴了。
商辂始终没有顾及万贵妃的面子，而是把礼法看得非常重。
这是商辂得罪万贵妃的一事，另外，还有一事，就是立太子。
万贵妃和朱见深生的悼恭太子死掉后，继承人的位置便空出来。
万贵妃还想着自己再生个太子出来，所以，后宫中，凡是怀孕的宾妃，她就设法让她生不出孩子。
所幸，纪妃生有皇子，没有被万贵妃发现。
商辂请求诏礼部拟定上报这个皇子的名字，于是，朝廷大臣相互祝贺。
皇帝朱见深也高兴，命令皇子出宫会见朝廷大臣。
过了几日，朱见深又御临文华殿，皇子侍奉，召见商辂及众内阁大臣。
商辂叩首说：“陛下在位十年，未立太子，天下盼望已久了。应当立即立为太子，安定朝廷内外的人心。”
朱见深点头同意了，就立皇子为皇太子。
商辂在这两件事上得罪万贵妃，使得他在皇帝身边，多了一个劲敌。
不过，直接导致商辂被贬出朝廷的，是西厂的汪直。
朱棣的时候，为了加强监管，设立了东厂。而到了朱见深的时候，觉得单单东厂，还不够，当下设立了西厂，汪直为提督。
这个汪直，除了会奉承皇帝之外，就会利用权力谋私。
他监督西厂，多次造成大案。
商辂见汪直仗势无法无天，当下率领同僚，分条列出汪直的十一条罪状，上奏说：“陛下委托汪直听讼断狱，汪直又把韦英这类小人当做耳目。都自称奉密旨，可以专断刑杀，擅自作威作福，残害虐待好人。陛下如果认为揭发坏事禁止扰乱，按法律不得不如此，那么在前几年，为何安定无事。况且曹钦的变乱，是由逯杲打探事情激发而成，可以作为鉴戒。自从汪直掌权，士大夫不安心于他们的职守，商人不安心于经商，老百姓不安心于生产，如不赶快除去，天下安危就不可知了。”
朱见深是站在太监这一边的，他生气地说：“任用一个太监，怎么竟危及到天下，是谁主使的这个奏折？”当下命太监怀恩传旨，责备十分严厉。
商辂严肃地说：“朝廷大臣无大小之分，有罪都请下旨逮捕追问。汪直擅自抄没三品以上京官。大同、宣府是边城的要地，守备片刻不能缺，汪直一天拘捕数人。南京是祖宗的根本之地，留守大臣遭汪直擅自收捕。各位近臣侍奉在皇帝左右，汪直动辄更换。汪直不除去，天下怎能没有安危？”
万安、刘珝、刘吉也在一起对答，他们依据大义，慷慨激昂，怀恩等人屈服。
商辂看着同僚道谢说：“诸公都为国家这样做，我又有什么担心的呢。”
九卿项忠等人也弹劾汪直。
朱见深面对众大臣的来势汹汹，当下不得已，于当日就罢免汪直在西厂的职务。
汪直虽然不管理西厂事务，还是像原来那样受到皇帝宠幸。
汪直知道，不搞倒朱见深，自己就没出头之日，当下寻找了一个机会，诬陷商辂曾收受指挥使杨晔的贿赂。
商辂是个清廉之人，哪里会忍受汪直的诬陷？当下上奏表明清白。
这时，御史戴晋颂扬汪直的功劳，请求恢复它在西厂的职务。
朱见深准许了恢复汪直恢复西厂职务。
商辂看到这种情况，当下请求辞职。
皇帝准许了他的辞职，赐命用驿车送他回去。
商辂离开朝廷以后，士大夫更加俯首侍奉汪直，没有敢与他对抗的人了。
大明，也开始由盛转衰了！
我们通过朱见深的信任万贵妃和汪直，就知道，他是个连他父亲朱祁镇都比不上的皇帝！
朱祁镇虽然不是优秀的皇帝，但是，他在最后的时候，能够重用李贤、王翱等人，使得大明重新走上正轨，而留给朱见深的，也是这些正直君子。
可是，朱见深在有商辂这些人，却把他们弃用，用起了一些太监、奸臣，直接导致了明朝的走向衰落。
由此可知，他是连他父亲都比不上的人！他的父亲虽不是优秀皇帝，起码算不上昏庸。而朱见深，直接就是个庸君。